目前用于水产养殖业的光合细菌一般多为红色非硫细菌科中的一类细菌，常见种类有球形细菌、荚膜红细菌、胶质红假单胞菌等。光合细菌为一类在厌氧条件下进行不放氧光合作用的细菌。在分类上属于细菌门、真细菌纲、红螺菌目，现已知该目的光合细菌包括2个亚目、6个科、27个属，约有66种。
1、提高苗种成活率
据报道，使用光合细菌后，虾苗变态率能达到80%以上，成活率达到75%。使用方法有两种：一是以12500倍液全池泼洒，二是混在蛋黄中饲养。如泥鳅从孵化到捕食轮虫阶段，其死亡率达90%以上，当用光合细菌作为开口饵料时，其成活率可达60%。
2、成为幼体的饵料
光合细菌具有很高的营养价值，其粗蛋白质含量高达57.9%，其质量相当于酵母蛋白，并且必需氨基酸种类齐全(有16种)，含粗脂肪7.91%，含可溶性糖类20.83%.由于它菌体微小，可以作为鱼虾幼体的开口饵料。尤其是刚孵出不久的泥鳅仔鱼，用光合细菌直接投喂，可使成活率达60%以上。
3、改善鱼塘水质
光合细菌具有多种不同的功能，如固氮、固碳、氧化硫化物和促进有机物充分分解等，通过吸收利用氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等有毒物质，促进有机物的循环，达到净化水质的目的，可使鱼虾类摄食旺盛，正常生长。
4、防治疾病
光合细菌是养殖水体中的有益微生物，除了作为鱼、虾的营养添加剂外，还对一些有病毒、细菌和真菌引起的疾病具有防治作用。据报道，光合细菌在治疗对虾红腿病、烂鳃病、鱼类夜盲症等方面有效。光合细菌含有抗病毒物质，有钝化病毒致病的能力。
5、光合细菌使用方法
(1)用作幼体的开口饵料及添加剂：用液体菌液或浓缩液进行全池泼洒。用作开口饵料用量为10000-12500倍，用作饵料添加剂用量为5000-10000倍，隔2-3d投放一次。
(2)作为饲料添加剂用作成鱼养殖：添加量为饲料的0.5-1.5%，稀释50-80倍拌入饵料。
(3)作为育苗和水质改良剂：可用10-20万倍液全池泼洒，每2-3d泼洒一次。
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